Ông là người đặt nền móng đầu tiên cho toàn bộ nền y khoa hiện đại Việt Nam, là hiệu trưởng đầu tiên của Đại học Y Khoa Đông Dương (nay là Đại học Y Hà Nội), xây dựng toàn bộ giáo trình sơ khởi và nhận thức y đức cho các thế hệ bác sĩ. Ông cũng là người sáng lập và phát triển hệ thống các viện Pasteur ở Việt Nam (Hà Nội, Nha Trang, Đà Lạt), tham gia sản xuất vắc xin và thuốc men chữa bệnh hàng triệu người Việt, Quảng châu, Macao, Đài loan. Trại ngựa nuôi lấy huyết thanh chữa bệnh của ông nằm ở suối Dầu, Khánh Hoà là trại ngựa lớn nhất châu Á khi đó, hiện nay vẫn lớn nhất Đông Nam Á. Ông từng mong muốn Diên Khánh là nơi sản xuất thuốc men dược phẩm của cả châu Á.
Ông là học trò xuất sắc của Louis Pasteur, sau khi đào tạo xong, Pasteur yêu cầu các học trò của mình toả ra khắp thế giới để “vang danh thiên hạ, giúp nhân loại” và Yersin đã chọn Việt Nam để cống hiến trọn đời mình cho khoa học và cho người Việt Nam. Nghe lời thầy và lên tàu lênh đênh trên biển, mặc cho gió bão khôn lường, dọc ngang quả đất để dấn thân, phụng sự. Đó là hình ảnh vô cùng đẹp của một trí thức.
Ngày 15 tháng 6 năm 1894, Yersin đặt chân đến Hồng Kông, khi trông thấy xác người chết vì dịch hạch trên đường phố, giữa những vũng nước, trong các khu vườn, trên ghe thuyền đang cắm neo, Yersin liền ghi lại quan sát ban đầu của mình: “Tôi nhận thấy có rất nhiều chuột chết trên mặt đất”. Yersin là người đầu tiên chứng minh rằng trực khuẩn hiện diện ở chuột bệnh và người bệnh là một, nhờ đó ông đã giải thích được phương thức truyền bệnh. Từ năm 1895 đến 1897, Yersin nghiên cứu thêm về bệnh dịch hạch. Năm 1895, ông trở lại Viện Pasteur ở Paris và cùng với các đồng nghiệp đã điều chế ra huyết thanh chống bệnh dịch hạch đầu tiên. Cùng năm đó, ông trở về Đông Dương và lập một phòng thí nghiệm nhỏ tại Nha Trang để sản xuất huyết thanh (năm 1905, viện này trở thành một chi nhánh của Viện Pasteur). Năm 1896, ông thành lập trại chăn nuôi Suối Dầu, nuôi ngựa để sản xuất huyết thanh.
Năm 1896, Yersin đến Quảng Châu, được phép tiêm huyết thanh được điều chế tại Nha Trang cho một chủng sinh đang mắc bệnh tại đây, và mau chóng thu được kết quả. Ông trở thành người thầy thuốc đầu tiên cứu sống một bệnh nhân dịch hạch. Yersin tiếp tục cuộc hành trình chống bệnh dịch hạch bằng huyết thanh với những điểm đến kế tiếp là Hạ Môn, Fomosa (nay là Đài Loan), và Macao.
Yersin có tầm nhìn vĩ đại.Ông không chỉ là nhà khoa học xuất sắc mà còn giỏi ở nhiều lĩnh vực khác nhau. Ông đã mang đến Việt Nam nhiều giống cây trồng vật nuôi, khám phá và xây dựng Sapa, Đà Lạt, Bà Nà… thành những địa điểm du lịch nghỉ dưỡng. Ông là người mang cây cao su, cà phê, ca cao cũng như nhiều giống cây ôn đới như cà rốt, súp lơ, su su, lay-ơn, cẩm tú cầu, xà lách xoong… về trồng ở VN. Hầu như tất cả các loại rau củ mang tiếng Pháp đều là do ông và bạn bè đồng sự ông mang qua thí nghiệm. Ngoài ra, ông còn quy hoạch nuôi cừu trồng nho ở Phan Rang, nuôi gà và đà điểu ở Ninh Hoà, tìm ra, quy hoạch, và xây dựng thành phố Đà Lạt, đẩy mạnh việc thử nghiệm và trồng quy mô lớn cây cà phê ở Tây Nguyên.
–
Ông luôn yêu cầu Pháp phải xây dựng nhiều trường học ở các tỉnh của Việt nam và đề xuất Pháp đầu tư tiền để xây đường sắt Bắc Nam từ ga Hà Nội đến ga Sài Gòn hệ thống đường sắt hiện nay chúng ta vẫn đang khai thác. Con đường quốc lộ 1A chỉ là một con đường đất nhỏ xíu có 2-3 mét từ thời chúa Nguyễn đã được ông kiến nghị cho kè đá, rải nhựa, mở rộng nâng cấp để xe ô tô có thể chạy được. Ông nói phải ưu tiên làm con đường to nhất, tốt nhất gọi là quốc lộ, chạy ngang qua hết các tỉnh để người dân tỉnh nào cũng có thể hưởng lợi từ giao thông. Đường sắt Phan Rang đi Đà Lạt cũng là ông tư vấn cho toàn quyền Doumer làm.
Trong khi nhiều trí thức Việt Nam đi Pháp để hưởng sự văn minh của xứ người, ông như cá bơi ngược dòng. Dù quê hương ông là đất nước Thuỵ Sĩ giàu có và xinh đẹp, dù tốt nghiệp trường Y Paris và là một trong những nhà khoa học nổi tiếng nhất thế giới thời điểm đó, ông vẫn xuống tàu đi về phương Đông, một miền đất nghèo ở một xứ sở xa lạ. Ông đã chọn Việt Nam làm nơi sinh sống làm việc, nghiên cứu ở Nha Trang đến cuối đời, Người dân Nha Trang vẫn còn nhớ ông đem phim về chiếu cho họ xem, khi trẻ con vào xem và nghịch phá những chậu hoa quý, gia nhân định la rầy nhưng ông ngăn bảo “đừng la mắng trẻ nhỏ, nghe lớn tiếng chúng sẽ sợ”, ông được người dân xóm Cồn gọi bằng cái tên thân thuộc: “Thầy Năm“. Ngôi nhà của ông ở Nha Trang là một trại tế bần khổng lồ cho người sa cơ lỡ vận, ốm đau, bệnh tật, đói kém…. làm việc và an nghỉ cuối đời.
Đám tang ông là đám tang lớn nhất Việt Nam từ xưa đến nay. Rất đông ngườidân Nha Trang xuống đường đưa tiễn, để tang trong mấy ngày, khóc hết nước mắt. Người dân Hà Nội, Sài Gòn, Đà Lạt, các thành phố lớn khác từ bắc đến nam thành kính và luôn nhắc tới tên ông. Cả châu Á yêu quý ông, nhất là người Hongkong, nơi ông đã thành công trong việc giúp hàng triệu người dân ở đây và khu vực tỉnh Quảng Đông thoát khỏi nỗi kinh hoàng do dịch bệnh. Úc mời ông sang thành lập viện Pasteur cho họ nhưng ông đã từ chối vì không đủ sức. Hongkong thì tìm cách giữ ông lại, nhưng ông vẫn khăng khăng về Việt Nam. Khi ông mất, trí thức toàn thế giới, đặc biệt giới Y khoa và giới thám hiểm đã bày tỏ sự thương tiếc vô hạn.
Alexandre Yersin đã sống tại Việt Nam hơn 50 năm. Thật khó có thể phân tích đầy đủ giá trị những cống hiến của Yersin cho Việt Nam và nhân loại.